ZOOCAM (L’imagerie pour la biologie)
ZooCAM (L’imagerie pour la biologie)
Coordinateur | Ifremer |
Porteur Ifremer | |
Budget du projet | Campagne Européenne DCF (Data Collection Framework) |
Contexte
L'Ifremer organise des campagnes halieutiques dont l'un des principaux objectifs est d'évaluer l'abondance des stocks de poissons. Ces campagnes annuelles permettent de générer des indicateurs pour évaluer l'état et l'évolution des espèces exploitées. Cette collecte de données est encadrée par la DCF (Data Collection Framework). Il s’agit d’un programme de collecte de données halieutiques au niveau européen.
Objectifs
L’Ifremer développe depuis quelques années un imageur en flux dédié à l’analyse des œufs d’anchois et de sardines dans le golf Gascogne : le ZooCAM. Il s’inscrit dans la liste des équipements indispensables à l’estimation des abondances de stock de poissons.
Le ZooCAM est un instrument couplant de la microscopie en flux et un logiciel d'analyse d'images et dont le but est de permettre une classification semi-automatisée d’organismes. Il est conçu pour numériser et analyser à bord des navires de grands volumes d'échantillons de méta-zooplancton et d'œufs de poissons. Un flux d’eau chargée d’organismes passe à travers une cuve de mesure à l’aide d’une pompe. Les organismes sont photographiés par une caméra et les images sont automatiquement classés dans des catégories prédéfinies par l’utilisateur.
En effet, Le ZooCAM a été spécialement conçu pour surmonter les difficultés d'analyse du zooplancton et des œufs de poissons dans le cadre de la mission PELGAS, son objectif est de fournir des données à haute fréquence quasiment en temps réel. Il permet à l’issue des analyses de générer des cartes haute résolution sur l’abondances des œufs de sardines, d’anchois et des différents groupes fonctionnels zooplanctoniques.
Noms des partenaires
Le ZooCAM est déployé avec succès depuis plus de 10 ans sur de nombreuses missions halieutiques sur toutes les façades maritimes de la France métropolitaine. Deux instruments sont opérationnels et une troisième en construction pour l’équipe MARBEC-LHM.
La Jouvence de l’instrument ZooCAM en 2021 ainsi que la construction pour l’équipe MARBEC-LHM est financé par la DCF (programme européen).
Publications
- The ZooScan and the ZooCAM zooplankton imaging systems are intercomparable: A benchmark on the Bay of Biscay zooplankton (10.1002/lom3.10577)
- The ZooCAM, a new in-flow imaging system for fast onboard counting, sizing and classification of fish eggs and metazooplankton (10.1016/j.pocean.2017.10.014)
Poster
In-flow imaging ZooCAM system for zooplankton counting, identification and classification